V poslední době se zvýšil v japonském městě New Port počet teroristických útoků. Útok na čínské velvyslanectví, sebevražedné atentáty, zabití slavného kyber-rappera, vražda prezidenta banky (podporoval uprchlíky) a mnoho dalších. K těmto zločinům se hlásí teroristická organizace Jedenáct jednotlivců (Individual Eleven). Sekce 9 se postaví těmto teroristům a k tomu všemu se proti nim staví i lidé, kteří by měli být na jejich straně. Postupem času se Sekce 9 zamotává do velmi složitého případu - Kuze Hideo, uprchlíci, Vládní zpravodajská agentura - strategická vyšetřovací komise a hrozba státního převratu. Sled všech hlavních událostí, týkajících se případu Jedenácti jednotlivců z GHOST IN THE SHELL: STAND ALONE COMPLEX 2ND GIG, je spojen do celku